1950年4月1日，《紐約時報》頭版標題〈美國審查氫彈資料；3000本雜誌遭燒毀〉，開宗明義指出：「Scientific American編輯派爾（Gerard Piel）昨天在報導中抨擊原子能委員會（AEC）的審查政策。」又說美國政府摧毀了物理學家貝特（Hans Bethe）所有原始文本，並在印刷廠熔化了「邪說異端的鑄造排字機鉛塊」，然後焚毀了「完整的證明文件」以及3000本已印製的雜誌。

派爾是釀酒商家族接班人，也是最早意識到核子研究可能用於製造武器的記者之一，他面臨美國政府審查、列入黑名單並受到監控。派爾揭露，《生活》雜誌在1943~1944年收到美國戰時審查辦公室的電報，警告報導的某些主題例如原子能和鈾，已歸類為機密。派爾說：「我把那封電報視為閱讀清單。」約翰霍普金斯大學物理學家伍德接受派爾採訪時，對一項秘密的「曼哈頓計畫」感到憤怒，該計畫大量訂購光譜研究設備。伍德認為計畫目的是：製造最可怕的武器。

派爾意識到原子時代已經來臨，便與《生活》的同事討論要出版一份具編輯獨立性的刊物，就科學運用進行有憑有據的討論。派爾與佛萊納根和米勒於1948年以簡單的編輯手法重新發行瀕臨停刊的SA。前瞻科學家對有智識的讀者解釋各領域的發展，編輯的任務是把科學家費解的文字轉譯成好讀的散文。這項方針擄獲受過良好教育的讀者，最終也吸引150多位諾貝爾獎得主撰文，包括愛因斯坦、波耳和克里克。

派爾召募同事後，知名告密者、時任《時代》（Time）雜誌資深編輯的錢伯斯告知美國聯邦調查局（FBI）「有三、四人離開《時代》成為SA編輯」，他們「可能站在同情共產主義的立場」。並誣陷道，購買SA可獲得「神秘補貼」。

1950年SA提出對氫彈的質疑並加入核辯論。科學家賴德諾爾在首批文章批評製造這種破壞性武器的決策，譴責阻擋公開辯論的「我們的保密政策破產」言論。在1950年4月，貝特重新思索美國總統打造新型超級炸彈的決策，懇求大眾尋找其他方法來「拯救人類免於終極災難」。他在同事間散發草稿，AEC知悉後禁止SA發表這篇文章。派爾要求AEC提出具體反對意見，AEC答覆：任何細節都可能損害國家安全。在一次閉門會議後AEC同意SA發表經「例行刪除」後的文章。

在敏感關頭，米勒問AEC人員：「如何處理已印製的3000本？那裡有碎紙機。但是你知道，紙片可拼湊復原。也許燒掉最好，對吧？」焚書是納粹演示過的戲碼，此建議顯然有濃厚的象徵意涵，但AEC人員同意了。3000本雜誌全焚毀，這在美國可說是史無前例。當期封面故事是愛因斯坦的文章，文中提出「能統合物理理論的場論」。

派爾不打算束手就擒。他的雜誌社是發行量僅10萬多本的「一家脆弱的小型機構。AEC隨時會把此事洩漏給眾議院非美活動調查委員會或是參議員麥卡錫。我們會被活活煮熟。所以我打電話給《紐約時報》說要爆料。」這起事件「一夕間舉國轟動」，使派爾免受損害國家安全的指控。《時報》（Times）社論支持SA，「審查制度冒著造成巨大傷害的風險。」派爾的立場贏得公眾欽佩，也招致FBI密切監控。特務回報他與第一任妻子「積極參與『第12街鄰人和平』抗爭，此活動與禁止核武的倡議組織『斯德哥爾摩和平請願』有關。」

1953年5月是麥卡錫時代對共產主義者的獵巫高峰期，參議院小組委員會傳喚SA主編斯維爾斯基（Leon Svirsky）。儘管他涉嫌擔任《時代》秘密共產主義小組成員，派爾還是為他找了純熟的法律顧問，讓他從參議院聽證會中全身而退。1954年7月參議院內部安全小組委員會在調查據稱為美軍內部的共產黨員時，傳喚SA行銷總監費雪，他曾任華萊士在1948年進步黨總統競選團隊的新聞發言人。派爾為他找了老練的律師，使他在承認自己的共產黨員身分時，不會因為拒絕透露他人姓名而遭起訴。最具挑戰性的案例是派爾自己，他受邀擔任美國公共衛生服務署出版的期刊顧問，卻需要先經過FBI的安全審查。派爾說，FBI斷定我「具顛覆性且對國家不忠誠」。在上訴忠誠委員會時，FBI報告說SA「嘲弄」羅森柏格原子間諜案中的證據，派爾回覆：「我確實如此。」另一過失是他與哈佛大學天文學家夏普里的友誼。夏普里是SA撰稿人，也是和平主義者，他否認麥卡錫說他不忠的指控。最後FBI指責派爾加入勞工黨，這是與紐約市長拉瓜迪亞結盟的進步黨組織，派爾回覆：「我確實如此。」即使這樣，派爾的名字仍從不忠誠的污點名單中刪除。

所有這些異議確立SA在編輯獨立性的聲譽，贏得讀者和廣告商青睞。派爾巧妙操縱歷史的力量──新聞自由與國家安全，使SA成為冷戰時期批判分析美國科學政策的重要媒體。（宋宜真 譯）